Les antibiotiques perturbent-ils durablement notre flore intestinale même des années après leur prise ?
Une grande étude menée auprès de près de 15 000 adultes révèle que la prise d’antibiotiques peut modifier la composition du microbiote intestinal pendant plusieurs années, bien au-delà de la période de traitement. Ces changements pourraient avoir des conséquences sur la santé à long terme.
Les chercheurs ont analysé les données de prescription d’antibiotiques sur huit ans et les ont comparées à des échantillons de selles pour évaluer l’impact sur la diversité des bactéries intestinales. Ils ont observé que les antibiotiques pris moins d’un an avant le prélèvement réduisaient le plus fortement cette diversité. Mais même une prise datant de un à quatre ans, voire de quatre à huit ans, continuait d’influencer la composition du microbiote. Certains antibiotiques, comme la clindamycine, les fluoroquinolones et la flucloxacilline, avaient un effet plus marqué que d’autres, affectant jusqu’à 15 % des espèces bactériennes étudiées. En revanche, des antibiotiques comme la pénicilline V ou la nitrofurantoïne montraient peu d’impact.
Les perturbations du microbiote intestinal sont déjà associées à des risques accrus d’obésité, de diabète de type 2, de maladies cardiovasculaires et même de certains cancers. Cette étude confirme que les antibiotiques, en altérant l’équilibre des bactéries intestinales, pourraient jouer un rôle dans le développement de ces maladies. Par exemple, une seule cure d’antibiotiques prise quatre à huit ans avant l’analyse suffisait à modifier la diversité bactérienne et l’abondance de certaines espèces.
Le microbiote intestinal est l’ensemble des micro-organismes qui peuplent notre tube digestif. Il joue un rôle clé dans la digestion, l’immunité et même la régulation du métabolisme. Lorsqu’il est déséquilibré, cela peut favoriser la prolifération de bactéries potentiellement nocives ou réduire la présence de bactéries bénéfiques. Les fluoroquinolones et la clindamycine, des antibiotiques à large spectre, étaient particulièrement liées à des changements durables, touchant des bactéries de plusieurs familles différentes. La flucloxacilline, plus ciblée, affectait surtout des bactéries spécifiques comme celles des ordres Lachnospirales et Oscillospirales.
Les résultats montrent aussi que la récupération du microbiote après une cure d’antibiotiques est lente. Si une partie des bactéries revient à la normale en quelques semaines ou mois, certaines altérations peuvent persister pendant des années. Cela dépend du type d’antibiotique utilisé et de la sensibilité individuelle. Chez certaines personnes, les effets d’un traitement par ciprofloxacine, une fluoroquinolone, ont été observés jusqu’à deux ans et demi après la prise.
Cette étude souligne l’importance d’une utilisation raisonnée des antibiotiques. Limiter leur prescription aux cas vraiment nécessaires pourrait aider à préserver l’équilibre du microbiote et, par conséquent, réduire les risques de maladies métaboliques ou inflammatoires. Les différences observées selon l’âge et le sexe suggèrent aussi que certains groupes pourraient être plus vulnérables à ces perturbations.
Les chercheurs insistent sur la nécessité de mieux comprendre comment le microbiote se rétablit après un traitement. Cela pourrait conduire à des recommandations plus précises pour choisir des antibiotiques ayant moins d’impact sur les bactéries intestinales, surtout chez les patients déjà fragiles. À l’avenir, des études complémentaires pourraient explorer des moyens d’accélérer la récupération du microbiote, comme l’utilisation de probiotiques ou une alimentation adaptée.
Sources
À propos de cette étude
DOI : https://doi.org/10.1038/s41591-026-04284-y
Titre : Antibiotic use and gut microbiome composition links from individual-level prescription data of 14,979 individuals
Revue : Nature Medicine
Éditeur : Springer Science and Business Media LLC
Auteurs : Gabriel Baldanzi; Anna Larsson; Sergi Sayols-Baixeras; Koen F. Dekkers; Ulf Hammar; Diem Nguyen; Tíscar Graells; Shafqat Ahmad; Camila Gazolla Volpiano; Guillaume Meric; Josef D. Järhult; Thomas Tängdén; Jonas F. Ludvigsson; Lars Lind; Johan Sundström; Karl Michaëlsson; Johan Ärnlöv; Beatrice Kennedy; Marju Orho-Melander; Tove Fall